Ab 2013 gibt es keine klare Klassifizierung von gentechnisch veränderten Lebensmitteln, und je nach Praxis können unterschiedliche Klassifizierungen nach unterschiedlichen Standards vorgenommen werden.
Je nachdem, ob das genetisch veränderte Lebensmittel als Standard eine genetisch veränderte Quelle enthält, kann es in die folgenden drei verschiedenen Arten unterteilt werden:
(1) Genetisch veränderte Lebensmittel, die keine genetisch veränderten Lebensmittel enthalten, beziehen sich auf Lebensmittel, die aus genetisch veränderten Organismen gewonnen werden, aber die Produkte selbst enthalten keine übertragenen Gene.
(2) Genetisch veränderte Lebensmittel enthalten zwar genetisch veränderte Inhaltsstoffe, aber ihre Eigenschaften wurden während der Verarbeitung geändert, und die übertragenen aktiven Gene existieren nicht mehr in genetisch veränderten Lebensmitteln.
(3) Genetisch veränderte Lebensmittel enthalten aktive genetische Bestandteile. Nachdem Menschen solche genetisch veränderten Organismen oder Nahrung essen, werden die übertragenen Gene und die inhärenten Gene der Organismen den menschlichen Körper beeinflussen.